表观遗传学研究服务

简介

MeDIP-Seq（甲基化 DNA 免疫沉淀测序）是一项基于抗体富集原理的全基因组甲基化检测技术。该技术依托甲基化 DNA 免疫共沉淀技术，借助5'- 甲基胞嘧啶（5mC）特异性抗体，靶向富集基因组中发生甲基化修饰的 DNA 片段，后续结合高通量测序手段，可在全基因组范围内实现对高 CpG 密度甲基化区域的高精度解析。

hMeDIP-Seq（羟甲基化 DNA 免疫沉淀测序）的核心原理与 MeDIP-Seq 完全一致，其区别在于利用5'- 羟甲基胞嘧啶（5hmC）特异性抗体富集基因组中的羟甲基化 DNA 片段。作为一种新发现的表观遗传修饰碱基，5hmC 由 10-11 易位（TET）家族的酶氧化 5mC 生成。该修饰不仅能够削弱 MeCP 蛋白甲基化结合结构域（MBD）与甲基化 DNA 的亲和能力，进而参与基因表达的转录调控，同时还在 DNA 主动去甲基化过程中发挥关键作用。

依托 MeDIP-Seq 与 hMeDIP-Seq 技术，研究人员能够高效、精准地定位基因组中的甲基化及羟甲基化区域，通过对比不同细胞、组织或疾病样本间的 DNA 甲基化修饰图谱差异，为基础生物学机制研究及临床诊疗方案的开发提供坚实的理论依据。

流程图

技术优势

1、全转录组范围研究mRNA的甲基化位点；

2、通过抗体富集的方法，充分利用了抗体的灵敏性；

3、分析方法类似ChIP-seq，数据分析相对成熟。

mRNA甲基化测序

简介

表观遗传修饰并非仅存在于基因组层面（如 DNA 甲基化），在转录组层面同样存在相应的表观修饰类型，且这类修饰承担着关键的转录后调控功能。早在四十年前，研究人员便发现信使 RNA（mRNA）上存在腺嘌呤甲基化修饰，即m?A 修饰。

作为一种广泛存在的 RNA 表观修饰，m?A 的出现频率约为每一条 mRNA 分子上分布 3-5 个修饰残基。该修饰具有可逆性特征，其动态变化过程受到甲基化酶复合体（包含 METTL3、METTL14、WTAP 等核心组分）与去甲基化酶（如 FTO）的精准调控。值得注意的是，m?A 修饰在人类与小鼠的转录组中高度保守，这一特性暗示其可能具有不可或缺的生物学功能。

已有研究证实，m?A 修饰参与调控 mRNA 剪切、生物钟节律维持、mRNA 稳定性维持等多个关键生理过程。除此之外，m?A 还可通过招募 YTHDF2 蛋白，促使处于翻译进程中的 mRNA 从核糖体转移至细胞质加工小体（P-body），并在该区域发生降解；且 mRNA 的降解效率与其携带的 m?A 修饰位点数量呈明显相关性。

在 mRNA 甲基化的检测技术中，甲基化 RNA 免疫沉淀测序（MeRIP-Seq，即 m?A 特异性甲基化 RNA 免疫共沉淀结合二代测序技术） 是目前的主流手段。其核心原理为：哺乳动物 mRNA 的甲基化修饰多发生于腺嘌呤第 6 位氮原子上，基于这一特点，可利用 m?A 特异性抗体靶向富集高甲基化的 mRNA 片段，后续结合第二代高通量测序技术对富集产物进行测序分析，从而实现全转录组范围内 m?A 修饰位点的精准检测。

流程图

核心技术优势

物种适配性强：可直接对任意物种的转录组高甲基化片段实施测序分析，无需依赖已知的基因组序列信息。

检测覆盖范围广：能够实现全转录组范围内甲基化区域的无差别覆盖，保障甲基化位点筛查的全面性。

定位精准度高：可在目标结合位点上下游 100-200 个碱基的区间内，完成甲基化区域的精准定位。

信号数字化无干扰：直接对甲基化片段进行测序与定量分析，有效规避传统芯片杂交技术中，荧光模拟信号易引发的交叉反应与背景噪音问题。

表观遗传学研究服务注意事项

1. 样本处理与保存

表观遗传修饰状态极易受外界环境因素干扰，样本采集后需即刻开展稳定化处理，例如添加 DNA 甲基化保护剂，同时需杜绝反复冻融操作，防止表观修饰状态发生改变。针对福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本，需提前对其 DNA 完整性及表观修饰信息的保留程度进行全面评估，确保样本符合实验标准。

2. 技术方案选择

需依据具体研究目的，针对性选择适配技术：开展 DNA 甲基化分析时，可选用全基因组甲基化测序（WGBS）、简化代表性重亚硫酸盐测序（RRBS）等技术；研究组蛋白修饰，则推荐采用染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）技术。需提前与服务提供方确认技术的灵敏度与覆盖度，必要时可整合多组学技术，进一步提升研究的深度与广度。

3. 数据分析与验证

需向服务方明确要求，提供完整的原始实验数据及标准化分析流程，并借助 UCSC 表观基因组浏览器等专业数据库完成数据注释。鉴于表观遗传数据存在显著的个体差异，实验设计阶段需设置足量的生物学重复；同时需通过实时荧光定量 PCR（qPCR）、甲基化特异性 PCR（MSP）等实验手段，对关键研究结果进行验证，确保结论的可靠性。此外，需严格遵守数据保密协议，切实保障样本相关隐私信息的安全。